Oltre a varie leggende legate alla fondazione della chiesa, esiste un fatto storico: nel 1623 il conte Matija Thurn fece erigere una chiesetta in cui fu trasferita un’immagine di Maria, attorno alla quale si raccoglievano i devoti in preghiera e per le celebrazioni liturgiche. Per ordine del conte, fu costruito accanto alla chiesa anche un piccolo convento.
I primi custodi stabili della chiesa e del convento furono i Carmelitani che per 134 anni abbellirono entrambe le costruzioni. Nel 1781 uscì il decreto dell’imperatore austriaco Giuseppe II, sulla cui base i Carmelitani dovettero lasciare il convento quatro anni dopo. Per nove anni la chiesa e il convento rimasero chiusi. Nel 1811 Kostanjevica fu assegnata alla custodia dei Francescani, che vi sono tuttora. Essi si dedicarono al restauro della chiesa, colpita durante la I Guerra mondiale, dal 1924 al 1929. Rinnovarono le stuccature facendone rivivere l’antico splendore.
La parte centrale dell’altare principale conserva in una cornice d’oro, circondata da una corona di raggi, l’immagine di Maria con Gesù. L’affresco della Vergine Misericordiosa, rappresentata come Madre di Dio di Kostanjevica fu eseguito dal pittore Leonardo Rigo. L’incoronazione di Maria sulla volta della navata fu dipinta dal friulano Giovanni Moro. Le numerose lapidi funerarie sono la caratteristica principale della chiesa di Kostanjevica, segno del forte legame che i notabili goriziani sentironi verso queste terre.
