En marge des différentes légendes attachées à la construction de l’église, il y a un fait historique. En 1623 le comte Matthieu Thurn fit bâtir un sanctuaire dans lequel fut transporté un tableau de Marie, objet de la vénération des fidèles qui s’y rassemblaient pour la liturgie. A côté de l’église, selon l’ordre du comte, fut édifié un petit couvent. Les premiers gardiens permanents attachés a l'église et au couvent furent des religieux Carmes. Pendant 134 ans ils travaillèrent à agrandir et embellir les deux bâtiments. En vertu d’un décret de l’Empereur d’Autriche Joseph II, les Carmes furent obligés de quitter le couvent quatre ans après son édiction en 1781. L’église et le couvent furent fermés pendant neuf ans.
Par la suite, le site de Kostanjevica fut confié aux Franciscains (1811), qui l’entretiennent encore aujourd’hui. Dans les années 1924-1929, ils s’occupèrent de reconstruire l’église, détruite pendant la Première Guerre Mondiale. En la décorant de stucs, ils ont voulu lui rendre sa beauté d’autrefois.
En partie centrale de l’autel, dans un cadre doré, entouré d’un cercle de rayons, on peut voir un tableau représentant Marie avec l’Enfant Jésus. La fresque de Marie Miséricordieuse, dite Mère de Dieu de Kostanjevica, a été peinte par Leonardo Rigo. Le couronnement de la Vierge Marie de la nef, est du au peintre de Frioul Giovanni Moro.
La présence de nombreuses pierres tombales est une des particularités de l’église de Kostanjevica. Elles témoignent du lien étroit qu’entretenaient avec ce lieu les nobles de Gorizia.
