Danes je gotovo najbolj znana grobnica oz. kripta, ki se nahaja pod prezbiterijem cerkve, in v kateri so pokopani zadnji člani francoske kraljevske družine Bourbonov z zadnjim dejanskim kraljem, Karlom X. in zadnjim prestolonaslednikom, Henrikom V. Bourboni so bili že okoli leta 900 grajski gospodje in so se počasi vzpenjali na družbeni lestvici. Ime so dobili po pokrajini, od koder so izvirali. Leta 1555 so postali kralji Navare, mahnega kraljestva pod Pireneji, leta 1589 pa so postali tudi kralji Francije. Prvi kralj iz te dinastije je bil Henrik IV., ki je bil v 10. kolenu potomec Ludvika IX. Po dobrih dvesto letih so oblast izgubili v času velike francoske revolucije leta 1792. Tedanji kralj Ludvik XVI. in njegova žena Marija Antonietta sta bila naslednjega leta ubita, drugi člani širše družine pa so že prej zapustili Francijo. V zaporu je zaradi slabega ravnanja umrl tudi 10-letni sin Ludvika XVI, ki je bil po smrti svojega očeta (naslovni) kralj Ludvik XVII. Po burnih časih revolucije in po vladanju ter padcu Napoleona Bonaparteja, so Bourbone povabili nazaj v Francijo in prestol je leta 1814 zasedel brat Ludvika XVI., ki si je nadel ime Ludvik XVIII. Po njegovi smrti leta 1824 je postal kralj Francije tretji brat, Karel X. Ta pa je s svojim avtoritarnim načinom vladanja prihajal v vedno ostrejša nasprotja s parlamentom in končno vzpodbudil leta 1830 takoimenovano julijsko revolucijo, ko se je moral odpovedati prestolu in zapustiti Francijo. Kraljevska družina je odšla najprej v Edimbourgh na Škotsko, potem v Prago, leta 1836 pa so prišli v Gorico kot gostje grofa Koroninija. Sedemnajst dni po prihodu v Gorico, 6. novembra, je Karel X. v Koroninijevi palači umrl za kolero, star 79 let. Ko je iz svoje sobe, kjer je ležal bolan in umiral, gledal Kostanjevico, si je zaželel, da bi bil pokopan v tej cerkvi. Željo so mu izpolnili in ga položili v grobnico grofov Turenskih, pod oltarjem, ki je bil takrat posvečen Karmelski Materi Božji. Tam ima tudi nagrobno ploščo, ki je pa močno poškodovana.

        Ker je bil tukaj pokopan zadnji kralj, zadnji simbol slave in moči te kraljevske dinastije, so tudi drugi zadnji člani te družine, ki je bila že precej maloštevilna, želeli biti pokopani tam, kjer je pokopan on. Tako je poleg njega pokopan njegov sin, ki bi kot kralj nosil ime Ludvik XIX., pa dejansko nikoli ni vladal, in Ludvikova žena, njegova sestrična, Marija Terezija Šarlota, hči Ludvika XVI. in Marije Antoniette - edina iz njune družine, ki je preživela čas vladavine terorja, bila izpuščena iz zapora in se pridružila drugim članom družine v pregnanstvu. Ker nista imela otrok, je bil prestolonaslednik sin brata Ludvika XIX. (Karla Ferdinanda), ki bi vladal kot Henrik V. Tudi on je pokopan v naši cerkvi, skupaj s svojo ženo Marijo Terezijo Beatriko Getano. Ker tudi tadva nista imela otrok, velja Henrik V. za zadnjega prestolonaslednika iz te kraljevske dinastije (v skladu s salijskim zakonom se je prestolonasledstvo podedovalo izključno po moških potomcih). Kot šesta pa je v kripti pokopana tudi sestra Henrika V., Luiza Matija Terezija, ki se je poročila v Parmo in postala vojvodinja parmska. Umrla je v Benetkah in bila pokopana skupaj z zadnjimi člani njene družine.

        Ko so jih pokopavali, so jih polagali v grobnice, kjer so zanje našli prostor. Zadnja umrla Marija Terezija Beatrika Gaetana, žena Henrika V., pa je dala leta 1884 grobnico preurediti tako, da so danes vsi pokopani v istem prostoru. Odstranili so grobnice pod sredino cerkve in tam naredili ozek hodnik ter zgradili kripto pod prezbiterijem. Iz kraškega marmorja je goriški kamnosek Ušaj izdelal sarkofage, v katere so položili svinčene zaprte krste s posmrtnimi ostanki in sarkofage namestili v kripto, kot jih lahko vidimo danes. Ker je Henrik V. zadnji prestolonaslednik, ki pa nikoli ni nosil kraljevske krone, so mu na sarkofag dali simbolno krono, ki pa je žal v času nemirne zgodovine med 1. Svetovno vojno izginila. Luizo Marijo Terezijo, ki je umrla v Benetkah, pa so že tam položili v bronasto krsto, v kateri počiva še danes.

        Pred vhodom v kripto je na desni strani tudi preprosta krsta, v kateri je pokopan Pierre Louis Jean Casimir, vojvoda blakaški, ki je bil diplomat ter njihov dvorni minister. V znamenje hvaležnosti za njegovo službo in zvestobo tudi v pregnanstvu, so ga pokopali v niši pred kripto.